Islam adalah agama yang berkembang pesat di Indonesia.Penyebarannya dilakukan melaui perdagangan, pernikahan, kesenian, politik dan pendidikan. Sumatera mengawali jejak perjalanan agam Islam di Indonesia. Kerajaan Islam pertama di Indonesia yaitu kerajaan Samudera Pasai. Kerajaan ini didirikan oleh Meurah Silu pada tahun 1267 M..
Jejak perjalanan agama Islam berlanjut ke pulau Jawa. Kerajaan Islam yang berkembang di pulau Jawa antara lain Kerajaan Demak yang dipimpin oleh Raden Patah (1500-1581). Saat itu, Kerajaan Demak berkembang dengan pesat karena memiliki daerah pertanian sehingga disebut sebagai kerajaan agraris maritim. Penyebaran agama Islam di pulau Jawa juga tidak lepas dari peran wali sanga. Wali sanga adalah sembilan orang yang mengajarkan dan menanamkan nilai Islam pada masyarakat. Mereka adalah Sunan Giri, Sunan Ampel, Sunan Bonang, Sunan Gresik, Sunan Kudus, Sunan Muria, Sunan Gunung Jati, Sunan Drajat,dan Sunan Kalijaga. Mereka menyesuaikan metode yang mereka pakai dengan kadar pengetahuan masyarakat penerimanya. Sehingga masyarakat Jawa dapat menerima agama Islam dengan terbuka.
Masuknya Islam ke Kalimantan melalui dua pintu (jalur). Jalur pertama adalah jalur Malaka yang dikenal sebagai kerajaan Islam setelah Perlak dan Pasai. Jalur yang kedua berkaitan dengan masuknya penyebaran Islam di Jawa, sebab jalur kedua ini adalah para mubaligh yang yang dikirim dari Jawa untuk menyebarkan agama Islam.
Dilihat dari sumber sejarah, penyebaran agama Islam di Sulawesi dilakukan oleh para saudagar muslim yang mengadakan kontak antarpulau, baik dengan pedagang dalam negeri, maupun dengan pedagang antarnegara. Yang mula-mula membawa Islam ke Sulawesi adalah pelaut-pelaut dari Arab, kemudian saudagar-saudagar dari India dan Iran. Selanjutnya Islam disiarkan oleh pedagang-pedagang dari Melayu dan Jawa. Salah satu kerajaan Islam yang paling dikenal di Sulawesi adalah Goa. Saluran perdagangan juga berlaku dalam masuknya dan penyebaran Islam ke Maluku, kerena Maluku yang terkenal kaya dengan hasil bumi yang melimpah membuat wilayah ini dikunjungi pedagang dari seantero dunia. Beberapa kerajaan Islam di Maluku yang wilayah teritorialnya sampai di Pulau Papua menjadikan Islam masuk pula ke Papua. Namun dibanding di wilayah lain, perkembangan Islam di pulau ini bisa dibilang tak terlalu pesat.
Bicara tentang sejarah Islam di Indonesia juga berkaitan dengan pemikiran Islam kontemporer yang berkembang di Indonesia. Pemikiran kontemporer dapat diartikan sebagai pemikiran-pemikiran tentang Islam yang berkembang belakangan ini (modern), dan dapat dibatasi mulanya dari tahun 1950an. Pemikiran Islam kontemporer terbagi menjadi dua arus, yang pertama yaitu pemikiran fundamental, yang melakukan pergerakan politis demi tercapainya negara Islam. Contohnya antara lain Tarbiyah yang menginginkan bersatunya umat Islam dan tegaknya syariah Islam, LDII, yang banyak dianggap sesat oleh organisasi-organisasi Islam lain, serta NII, salah satu organisasi yang cukup terkenal dan kontroversial.
Arus yang kedua adalah arus Islam progresif, yang bertujuan membangun kritisisme terhadap globalisasi dan neo-liberalisme dan berupaya mengubah ide-ide dalam Islam yang didominasi pemikiran yang cenderung konservatif dan fundamental. Contoh arus yang kedua ini antara lain JIL, yang dalam pergerakannya berpegang pada sekularisme dan plularisme. Kemudian ada juga Desantara, yang menekankan pada isu Islam dan kebudayaan, Qorriyah Thoyyibah, yang menekankan pada pelayanan kepada rakyat miskin terutama dari kalangan petani, dan LSAF, lembaga yang mengkhususkan diri pada studi-studi agama dan filsafat,.
